Un certain marquis de la Paillerie, mort aux Antilles peu avant la Révolution, est le héros invisible du feuilleton. C’est son testament enfermé dans une bouteille cachée dans un bateau et retrouvée flottant sur la Seine en 1961 qui entraîne Roger et Mimi, deux petits Parisiens, à la recherche du trésor des treize maisons. Ce testament annonce en effet q'un trésor est caché dans le mur d'une des maisons du marquis. Des recherches chez les bouquinistes des quais apprennent aux enfants que le marquis en possédait treize à Paris et dans la région parisienne. Ils vont donc les visiter l'une après l'autre. Les choses se corsent et les aventures commencent lorsque des gangsters ont vent du trésor. Ils vont espionner les enfants et essayer de les kidnapper pour les faire parler. Heureusement, ils ne seront pas seuls dans cette lutte inégale : ils se sont noués d'amitié avec Cristobal Cabourasse, l'éclusier de la Bastille auquel ils avaient emprunté sa barque sans lui demander son avis.